1937年7月7日，卢沟桥事变爆发后，中国人民由此进入了全面抗日战争时期。由于蒋介石统治集团腐败无能，致使东北大片河山相继失守。 1938年5月，日本侵略军南下，占领了厦门。福建战势极为严峻，民国福建省政府为保存实力，省政府主席陈仪决定，省府直属机关和学校立即向后方疏散。同年8月，福建省政府迁驻永安县。与此同时，福建省保安处、省保安人员训练所、省县政人员训练所、三青团省团部以及江苏学院等单位先后迁入沙县三元镇。原来不足4000人的小镇，一时成了战时福建省的政治、文化集结地。为适应人口日益增加所需的食宿及改善经济条件和日常生活，民国28年(1939年)1月4日，福建省政府笫05049号训令，沙县第二区署以三元镇为中心，划出万余人口，成立三元特种区署(为二等区署)，直属福建省政府。2月1日正式对外办公。区长王维梁同时到任。

　  三元特种区面积1057平方市里，人口10106人。下辖三元联保原管辖区域全部；历西(今列西)联保原管辖区域全部；历东(今列东)联保除碧湖外全部；碧溪联保的渔圹溪、沙源；杉荆联保的荆东、荆西。

1939年，国民党顽固派掀起了第二次反共高潮，国内形势恶化。中共建屏中心县委，建松政特委、闽东特委等组织先后遭到国民党的破坏。许多被捕的中共党员、干部和进步青年，爱国志士转押到三元囚禁。三元特种区地处福建省政府驻地——永安县的前沿，为闽西北交通之要冲，形势险要。为适应形势发展的需要，福建省政府经中央内务部和行政院批准，于民国39年(即1940年)4月7日，发布训令，将三元特种区署升为三元县(为三等乙级县建制)，并于6月1日正式对外办公。10月10日，福建省政府委任吴锦文为三元县代理县长。

建县期间，以三元特种区毗邻的明溪、沙县和永安县辖区以地形、经济、交通、民情风等诸条件相似划入三元县。三元县面积为4127平方市里，人口34348人。下辖3乡、57保、528甲。财政田赋45229元，房宅税16004元，屠宰税25345元。

由明溪县划入面积510平方市里，2100余人，计5保、53甲，划入地有岩前、乌桥坑、吉口车头坑；永安县划入的面积1220平方市里，1300余人，计16保、194甲，划入地有增坊、星桥、眉山、楼前、发龙峰、西际、龙安、清溪、小松洋、沙阳；沙县划入面积1341平方市里， 7182人，计16保，171甲，划入地有莘口、蓬源、下炉、大松洋、张坑、中村，上祭、筠竹、后堂、杜水、草洋、吾思堂、廖源、碧湖、碧口、陈墩、大源、桔石岩、长岭茂、坑源、碧溪、朝鱼底、小龙兴。

（文章源自三元文史资料）