三元原属沙县辖境，古之村名不详。据剑沙《三元邓氏家谱》记载，远在唐代，有一安氏一乳乳三子，长曰龙元，次曰狮元，末曰豺元，兄弟皆英杰有名于世，故称三元。

宋时乃为沙县二十二都的一个小村庄，直至明代中叶才辟墟设镇，明清设三元里，民国后设三元镇。民国28年，从沙县划出设立三元特种区，民国29年，增划毗邻的沙县、明溪、永安县部分地方设置三元县，三元镇改称三民镇。1950年解放时仍称三民镇。1954年，三民镇改称城关镇。1956年，三元、明溪两县合并，各取冠首一字，故称三明县；1959年2月，成立三明人民公社，下辖城关、中村、莘口、岩前、雪峰、盖洋、夏阳、胡坊8个农村人民公社。1961年8月，城关人民公社管委会改为城区办事处，下辖城关、列东、列西3个分社；1963年，与明溪县分开建置，改称三明市，隶属三明专员公署；1970年地辖三明市下属城区办事处与陈大、岩前、莘口、中村4个公社管委会和荆西镇政府。1983年4月，经国务院批准，撤销三明地区行政公署，原地辖三明市改为省辖市，设置市辖县级三元行政区。

　  三元区位于三明市区西南部，东与梅列区相连，西与永安市毗连，南与大田县交界，北与明溪县接壤。地处北纬26°5′，东经117°5′。面积8ll平方公里，辖2乡2镇、四个街道办事处，总人口21．1万人。全区地势自西北向东倾斜，位于武夷山脉与戴云山脉之间的汇水区，沙溪河谷梅列盆地为市区，海拔最高1500米以上。全区辖4个街道、2个镇、2个乡，闽江源流沙溪河贯穿境内。鹰厦铁路，205国道，102、212省道，福银高速公路、泉三高速公路贯穿全境。

　  三元资源丰富、全区属亚热带气候，三元区是福建省重点林区之一，全国南方林区综合改革试验区，享有“绿色宝库”之称。