三元县县治城关，被人描绘为“小小三元县，三家豆腐店，城里打锣鼓，城外听得见”，解放初建起一座居民千户，人口五千的小城镇，却有庙宇棋布，明、清时期各姓的祖祠竞有60座(内有住户的祖屋末计人)。大约每15户有一祠，人均4平方米，这些古建筑，成为小城罕见的奇特之景色。

每座祖祠建筑面积平均约300多平方米，深三堂，阔五植(开间)，最阔者有七植或九植，三植者甚少。建筑物平面有门坊、前堂下厅、两廊两天井中甬道，上堂正厅、侧厅中饰神龛、后堂、花台，两边明水沟及防火道，四周防火墙。有的还有内外坪或防火鱼池，牌坊等；有的内外坪侧为贡生、举人、进士竖立石伟(桅)杆。建筑物为木结构，通间敞厅，上铺斗砖盖檐瓦，下铺青砖。据有文字记载，现存最早最完好的是荆东垂裕祠，初建于宋嘉年问，历代由住城关邓姓四大房倡导重建与重修，得以延续至今。明代重建与始建的祖祠遗留12座；清康熙年间建造的约七八座；乾隆年问鼎建者14座；嘉庆、道光年间建造8座；清末62年间约建17座。

据各族家谱记述，建造祖祠的目的作用是“祠以安魂，墓以藏骸”。实际作用有集聚族众子孙，敬祖崇宗，寻根溯源；又可作为功名成就，仕途亨通者拜谒祖宗；维护和履行族规，管理家族财产等。祖祠为族人共有的永久财产，不许子孙拆卖。因此，各大族竞相建造祖祠，除邓氏垂裕祠、李氏宗祠、林氏宗祠、黄氏宗祠、赖氏宗祠、郑氏佑启祠、毛氏碧峰祠、居阳罗氏德馨祠以外，后代“财丁兴旺”支房，为永保美誉，亦相继建祠。如邓氏金房又建22座，匏房5座，革房3座，木房l座，李氏又建10座，林氏8座，黄氏郑氏各又建l座。

三元及其周边，又形成一种特殊风俗。每年正月初一清晨，各姓子孙衣冠楚楚，扶老携幼，赶往各祖祠拜祖，并互相拜年祝贺，路遇亲朋好友均互致敬贺。七月十五日各家送金泊香纸等到祖祠焚烧，不时还有人到祖祠为各先人作“忌辰”。先人谢世一周年后，选择良辰吉日，邀请族亲朋亲，吹吹打打将他(她)的香火送归祖祠，举行“附庙”仪式。这是孝子贤孙为先人举行的最后一次“大礼”(做功德)。

历史事实表明，这许多祖祠的存在，并非按先辈们的美好愿望起着良好作用，虽也曾有作为童生惮礼读书之处，或为演戏的文娱场所，但多数俱被儿童视为可怕的“鬼洞”。历来不为人意的闲空祖祠，实为战乱或南来北往的军旅提供方便的宿营地，给乡民带来不少灾难。如近代的民国初年，祖祠成为南军北兵争战的郭(凤鸣)旅、卢(兴邦)部兵匪驻扎地。抗日时期，福建省政干训练所、保安司令部、三青团及其夏令营、江苏学院先后迁来三元，人满为患，占用了所有祖祠庙宇，还殃及不少民宅厅院。刚建成一二年的允福祠，即被省保安司令黄珍吾占为公寓；占地最大的林氏宗祠，被占作省保安司令部；德馨祠、世德祠、奇峰祠一片均为其第三科及关押进步、革命志士之监狱；世昌祠及周舍巷(现称红旗路)附近20多座祖祠，尽为省政干训练所占用；友竹祠辟为三元县县政府。1951年土地改革运动之后，祖祠征收为乡村财产。一部分已由机关单位使用，一部分也由企业事业选用。1970年以后这些古建筑才逐步拆除，1992年城关全面旧城改造，痕迹全然无存。仅有荆东垂裕祠，于1991年3月公布为省级文物保护单位，得到保存。